Um ano depois de o Sudão do Sul ter conseguido a independência do Sudão, a população continua descontente e verifica-se uma grave crise de Direitos Humanos. Apesar de a separação não ser pacífica, esperava-se uma transição sem grandes conflitos, visto que a decisão de independência foi feita através de eleições livres.
Os conflitos existentes entre o Sudão do Sul e o Sudão – como a disputa dos territórios do Cordofão do Sul e do Nilo Azul, a demarcação das suas fronteiras, a divisão das receitas provenientes do petróleo, questões sobre a cidadania e a marginalização das comunidades dos dois países – têm originado confrontos armados violentos que, consequentemente, têm provocado deslocamentos forçados das populações.
Os deslocados estão mais vulneráveis a abusos de direitos humanos e sujeitos a condições preocupantes, como insegurança e falta de alimentação, água e abrigo. A época de chuvas intensa, que se verifica desde maio na região, tem agravado as condições dos campos de refugiados que estão sobrelotados. O campo de refugiados de Yida, no Sudão do Sul, já tem mais do dobro da sua lotação, o que representa um excesso de 60.000 pessoas. No Nilo Azul verifica-se uma média diária de 1.000 pessoas vindas do Sudão e Sudão do Sul, o que soma um total de 169.000 refugiados.
A Amnistia Internacional tem vindo a expressar as suas preocupações quanto aos recursos limitados dos campos de refugiados, necessitando estes de apoio para atenuar a crise de direitos humanos que se verifica no Sudão e Sudão do Sul. Entretanto, a comunidade internacional tem vindo a negociar acordos para que o governo do Sudão permita que as organizações humanitárias possam prestar assistência humanitária sem restrições de acesso e que as organizações internacionais possam efetuar investigações independentes e identificar casos de abusos e violações de direitos humanos. Em maio de 2012, o Conselho de Segurança da ONU apresentou uma proposta ao Sudão que foi aceite, mas com condições que restringem o trabalho das organizações humanitárias.
Entretanto, mais de 100.000 pessoas oriundas de Abyei (distrito do estado do Cordofão do Sul) continuam deslocadas no Sudão do Sul e em condições de insegurança devido, em grande parte, à inexistência de um acordo sobre a divisão deste território por parte do Sudão e do Sudão do Sul.
O Sudão do Sul, como um novo Estado, depara-se com alguns dilemas do passado. A existência de inúmeros grupos armados, que alegadamente são apoiados pelo Sudão, e o elevado número de armas que estão na posse de civis têm destabilizado o crescimento do Sudão do Sul como um Estado.
A Amnistia Internacional apelou ao governo do Sudão do Sul no sentido de incluir os direitos humanos na sua agenda, sendo urgente identificar os problemas existentes. No entanto, passado um ano ainda não se verificou nenhuma ação nesse sentido.
O mais novo país do mundo ainda tem um longo caminho a percorrer para atingir as suas obrigações a nível dos direitos humanos, mas até que o Sudão e o Sudão do Sul resolvam as questões pendentes, as pessoas de ambos os países continuarão a sofrer as consequências da construção de uma fronteira instável e violenta.